Ofte er der kun få bivirkninger ved behandlingen. Nogle oplever slet ingen bivirkninger.
Du kan dog opleve, at det gør ondt og trækker i musklerne der, hvor magnetspolen er placeret. Dette er mest udtalt under de første 2-3 behandlinger, derefter vænner de fleste sig til det.
Hvis man oplever ubehag ved behandlingen, kan der laves en individuel gradvis optrapning til den ønskede behandlingsintensitet.
Enkelte patienter får forbigående spændingshovedpine, som kan behandles med et mildt smertestillende middel, f.eks. Paracetamol. Nogle oplever at være mere trætte under behandlingsforløbet. I yderst sjældne tilfælde kan der opstå kramper hos patienter, der er særligt disponerede, fx pga. anden sygdom.
Mange års forskning i metoden viser, at behandlingen ikke medfører langsigtede bivirkninger.